История-Музей был образован в соответствии с Указом Президента Республики Узбекистан «Об учреждении Дня поминовения жертв репрессий» от 1 мая 2001 года и Постановлением Кабинета Министров Республики Узбекистан от 8 ноября 2002 года № 387. Первоначально музей был размещён в здании площадью в 400 квадратных метров. Указом Президента Республики Узбекистан от 5 мая 2008 года № 861 были внесены существенные изменения в экспозиции музея, которая теперь состоит из 10 разделов, размещённых в трёх выставочных залах. Здание музея было отремонтировано и существенно расширено, 

теперь его площадь составляет 960 квадратных метров, была пристроена терраса и облагорожена прилегающая к зданию территория Музей расположен в месте, где с начала 20-х годов и до конца 30-х годов XX века происходили массовых казни репрессированных.

Описание: Экспозиция музея разделена на 10 разделов, относящихся к разным периодам истории Узбекистана с конца XIX века до обретения независимости.

Первый раздел посвящён истории Туркестанского края в период его колонизации Российской Империей.
Второй раздел посвящён истории Туркестанского края конца XIX — начала ХХ века, связанной с началом движения национального возрождения. Движение джадидов, объединившее наиболее прогрессивные и образованные силы края, существенно повлияло на развитие экономики, культуры и образования. Несмотря на преследования со стороны колониальных властей, движение росло и набирало силу во многих районах Туркестана. Экспозиция этого раздела рассказывает о наиболее активных деятелях движения, а также об их культурной и образовательной деятельности.
Третий раздел посвящён периоду от февральской революции 1917 года до установления советской власти в 1918 году. Февральская революция 1917 года привела к кардинальным политическим изменениям в Туркестане и усилению национального движения в крае. Однако, сразу после октябрьского переворота, большевики в ночь на 1 ноября арестовали в Ташкенте членов Комитета Туркестана, силой захватив власть в крае. Национальные прогрессивные силы Туркестана на внеочередном IV съезде мусульман поддержали идею создания Туркестанской Автономной области, не поддержанную большевиками. В феврале 1918 года, силами частей красной армии Туркестанская автономия была ликвидирована. Большая часть экспозиции раздела посвящена этим трагическим событиям.
Четвёртый раздел посвящён истории вооружённого сопротивления народов Центральной Азии в 1918—1924 годов. Тирания советской власти вызвала резкий протест и возмущение среди населения. По всей стране началось вооруженное движение сопротивления, наиболее ожесточённо проходившее в Ферганской долине, продолжавшееся до 1924 года.
Пятый раздел посвящён периоду коллективизации 1930—1936 годов, имевшей большие трагические последствия. Проводившиеся советской властью в 30-х годах земельная реформа, коллективизация, ликвидация частной собственности, государственная монополизация промышленности и сельского хозяйства, сопровождались экономическими репрессиями, коснувшихся крупных и средних землевладельцев, ремесленников, торговцев, предпринимателей и религиозных деятелей, многие из которых, вместе с семьями были депортированы.
Шестой раздел посвящён политическим репрессиям за период с 1929 по 1936 гг. Установление административно-командной системы, неизбежно привело к гонениям в отношении людей, выступавших против этих реформ, в частности, репрессиям со стороны советской власти подверглись члены движения сопротивления и их родственники.
Седьмой раздел посвящён эпохе «Большого террора» 1937—1938 годов. В числе репрессированных — партийные и государственные деятели, представители интеллигенции, учёные, писатели — Файзулла Ходжаев, Чулпан, Евфрат, Акбар Рустамов и многие другие.
Восьмой раздел посвящён политическим репрессиям 1940—1950 годов. Накануне войны и в годы войны проводились этнические репрессии против людей, живших в приграничных районах — корейцы, турки-месхетинцы, поляки, немцы и другие народы совершенно необоснованно и незаконно были принудительно депортированы в другие районы страны, в том числе, и на территорию Узбекистана.
Девятый раздел посвящён политическим репрессиям 1980-х годов. Освещены печальные последствия советской политики монокультуры хлопка в Узбекистане, приведшие к высыханию Аральского моря. В 80-х годах ХХ века начался новый этап репрессий против народа, так называемое «хлопковое дело», породившее много клеветы в адрес узбекского народа.
Десятый раздел рассказывает о том, что было сделано за годы независимости Узбекистана для восстановления исторической справедливости, увековечивания памяти жертв репрессий и сохранения национальных ценностей.