Как и вся Средняя Азия, Бухара претерпела в XIII в. все бедствия монгольского нашествия. Но уже во второй половине столетия, когда верховным правителем Мавераннахра становится доверенное лицо джагатаидских ханов Масудбек, от имени его и его матери в Бухаре строятся два крупных медресе — Масудийе и Ханийе. Строительная деятельность продолжается здесь в XIV в., от нее дошло два смежных памятника. Один из них связан с погребением шейха Сайфиддина Бохарзи — главы дервишеского ордена, влиятельной фигуры на Среднем Востоке, проживавшим в Бухаре, где он скончался в 1262 г. 

Его захоронение сразу же стало местом зиарата. Однако парадное сооружение, включающее усыпальницу-гурхану и комнату поминовений — зиаратхону, возникло позднее. Дело в том, что близ священной могилы пожелал быть погребенным ничем не примечательный представитель мавераннахрской ветви Джагатаидов — Буянкули-хан. Он при жизни осуществил в 1354 г. строительство своей будущей усыпальницы, где и был похоронен, пав жертвой междинастийной борьбы в 1358 г. Соседство этого небольшого, но богато оформленного мавзолея с открытым погребением Сайфиддина Бохарзи, очевидно, побудило бухарское духовенство включить почитаемую могилу в здание, которое превосходило бы этот мавзолей величием своих архитектурных форм. Мавзолей С. Бохарзи был возведен во второй половине XIV в., выделяясь величественным куполом, а позднее — дополнен парадным порталом с башнями на углах и венчающей аркатурой — реваком над сводом.
Декора мавзолей лишен, на над погребением шейха было установлено роскошное резнок деревянное надгробие — кенотаф, насыщенное резными орнаментами и вязью арабского письма (ныне находится в Бухарском музее). В контрасте с мавзолеем Бохарзи мавзолей Буянкули-хана, стоящий за его гурханой, невелик по размерам, но исключительно параден по своей отделке. Его фасады и интерьеры насыщают облицовки резной поливной терракоты в основном сине-бело-голубой гаммы, где сложно-растительный орнамент сочетается с вычурными надписями и геометрическими сетками.
Несколько слов о человеке, чье имя и память увековечил мавзолей. Сайф ад-дин Бохарзи (1190-1262) жил в то смутное, нелегкое время, когда культурные и густонаселенные земли Средней Азии были захвачены монгольскими завоевателями Мингиз-хана. Исторические рукописи упоминают, что Бохарзи был человеком большой одаренности и учености, шейх, богослов, поэт, пользовался огромным авторитетом и у просвещенных правителей, и у простых людей. Не случайно его называли шейх ал-олам (шейх мира). Мудрое слово и оценки шейха Сайф ад-дина были таковы, что даже монгольские ханы считались с его мнением, он не раз предотвращал кровопролития и притеснения по отношению к своему народу.